La Rectoría es la máxima instancia académica y administrativa del Colegio Bautista de Temuco. Está a cargo de la Sra. Erna Toro Ibáñez, Profesora, Magíster en Educación y con Estudios de Doctorado en Educación. Es responsable del funcionamiento interno de la institución y de su extensión hacia la comunidad regional y nacional, mostrando su visión de futuro que le caracteriza. Tiene como función principal gestionar, al más alto nivel, para que la institución cumpla con la misión educativa institucional y logre los objetivos estratégicos en los ámbitos académicos, cristiano evangélico, administrativo y financiero.
De la Rectoría dependen directamente las siguientes instancias:
Unidad de Apoyo Espiritual
Dirección de Planificación y Desarrollo Académico
Dirección de Administración Curricular
Dirección de Administración y Finanzas
Dirección de Extensión y Comunicaciones
